山東省應用真菌重點實驗室于2009年由省教育厅批准建设，前期围绕真菌多糖、菌根真菌和生防真菌三个方向形成省内领先。近年聚焦我国和山东省在生态农业、医药健康、绿色环保等重大领域快速发展与新旧动能转换的重大需求，依托实验室国家和省级人才在微生物学、植物病理学和化学生物学的交叉学科优势，聚焦真菌功能资源挖掘、调控与再造的关键科学问题，开展从菌物资源到功能分子研发的前沿领域应用基础研究，解决山东省功能菌资源不足、微生物产业开发与利用率低等卡脖子问题。目前凝练三个核心方向：一、真菌资源与活性物质挖掘，围绕食药用菌、菌根真菌及生防菌，创建具有自主知识产权的新种质、新基因、新蛋白的资源库，研究天然菌物药物及合成过程，应用于绿色农业和医药健康领域；二、微生物寄主互作与代谢调控，开展以农作物病害绿色防控为目标的微生物与寄主互作的应用基础研究，探索促生长、抗病害、抗逆境等的代谢调控机制，指导促农作物生长技术研发和病原菌精准防治；三、农林低劣物生物转化与代谢重塑，针对农林低劣生物质高值转化的前沿热点需求，将“研究方向一及二”形成的资源素材、相关理论和共性技术应用于低劣物微生物高效绿色转化，提高农业资源综合利用率。

實驗室現有科研用房3765平方米，2017年建設總值1500萬元的科研儀器共用平台並全部對外共享。現有固定人員59人，包含學術帶頭人11名，研究骨幹23名，一般研究人員23名，輔助管理人員2名，其中教授26人，國家優青1人，享受國家特殊津貼人員4人，國家現代農業産業體系崗位專家1人，省傑青2人，泰山學者5人，省突出貢獻中青年專家5人，省重點實驗室首席專家1人，省市農業體系崗位專家4人，每年培養研究生30人以上。近三年科研項目累計120多項，經費4500多萬元，其中國家級項目35項、經費2300多萬元，主持省部級項目40多項；發表SCI署名論文110多篇，多篇論文被同行正面引用和作爲經典案例討論，申請和授權國家發明專利100多項，轉化1項，主持行業標准7項，第一完成人獲省部級科技二等獎3項，三等獎2項。重點實驗室在菌物資源與代謝的科研與教育中發揮了引領性作用，爲我省建設成功能菌資源儲備和資源利用領先的強省貢獻力量。
                                                                                                                         （数据截至2022年底）